Zodra de darmen zijn geoptimaliseerd, is de volgende stap hetzelfde te doen met de stofwisseling. Een veel voorkomende reden voor overgewicht is een calorieoverschot. Het lichaam krijgt dus meer calorieën binnen dan het nodig heeft voor zijn energiebehoefte. Maar de calorieën worden alleen de ongewenste “kussentjes” door de stofwisseling. Daarom is het zinvol om het metabolisme in positieve zin te stimuleren.
De eerste stap is het voorkomen van insulineresistentie door de inname van geraffineerde suikers te verminderen. Deze suiker zet de alvleesklier aan om voortdurend insuline af te scheiden om het te verwerken. Bij een overdosis suiker verliezen de aanhechtingsplaatsen voor insuline hun gevoeligheid en wordt de suiker steeds minder efficiënt verwerkt. In plaats van dat het wordt omgezet in energie, wordt het omgezet in vetweefsel. Een ander dieet, meer beweging en suppletie met relevante vitale stoffen kunnen deze ontsporing van de stofwisseling tegengaan.
De stof leptine reguleert het hongergevoel. Als het lichaam hunkert naar voedsel ook al zijn de basiscalorieën allang geleverd, dan kan dit te maken hebben met zowel de productie van leptine als vertraagde informatie naar het verzadigingscentrum in de hersenen. Deze twee processen kunnen alleen goed verlopen als de essentiële stoffen die ervoor nodig zijn beschikbaar zijn.