Präbiotika fungieren als Nahrungsquelle für die Mikroorganismen des Darms, die auch Mikrobiom genannt werden, und werden im Darmtrakt durch Bakterien zur Verwendung fermentiert. Diese Verstoffwechselung der Präbiotika ist für die Mikroorganismen essenziell um zu überleben und zu kolonisieren. Dieser Prozess ist somit für die Gesundheit des Darms enorm wichtig. Wenn „positive“ Präbiotika im Darm verarbeitet werden, entstehen je nach Art des Präbiotikums beispielsweise unterschiedliche kurzkettige Fettsäuren zur Förderung der Immunität, es wird die Regulierung des Stuhlgangs unterstützt oder es kann eine Anregung zur Bildung von Hormonen erfolgen, die unter anderem den Appetit kontrollieren. Weiter steht eine optimale Wirkung des Mikrobioms in Verbindung mit der Aufnahme von essenziellen Nährstoffen und der Produktion von einigen Vitaminen. Nicht zu unterschätzen ist auch der Effekt, dass „positive“ Präbiotika durch ihre Wirkung indirekt potentiell krankmachende Mikroorganismen verdrängen können.
